影片名为《香水》却在一个极其肮脏，恶臭的画面中展开。影片提示：这里是世界上最臭的地方——巴黎，因为这里的人最多，而这里又是巴黎最臭的地方——鱼市场。就在这里主人公很突然地降生了，就在满是臭鱼、垃圾的地上。而他的母亲因前几胎都是死胎，这次也把他当成了死胎对待——随便生在地上，看都没看他一眼，生完就又很快回到卖鱼的摊位上。直到他的啼哭，人们才注意一个新的生命的存在，同时这声啼哭也把他的母亲送上了断头台——弃婴罪。
而后他被送到了孤儿院——可以拿孩子换钱的孤儿院。在那里，他是个多余的小不点，差点被身边那些嫌他碍事的孩子闷死。在那个昏暗、冷漠的环境里他触摸不到一丁点的属于人类的爱意与温暖。他唯一得到的只有少许能勉强维持生命的劣质食物。在这样恶劣的环境里，他的生命像细菌一样的顽强、倔强。他终于活了下来，活到让孤儿院的头儿可以把他卖钱，活到可以被卖到皮货贩子那里做苦力，影片提示说在那里工作的人平时寿命只有5年——5年！这意味着什么？
但他仿佛幸运的很， 他又一次活下来，而且活到有机会跟着老板一起外出送货。
在巴黎的闹市街头，他生平得到了最大的馈赠——成千上万的，铺天盖地的各种味道，毫无掩饰的迎面而来，他贪婪的吸着鼻子，分辨着各种的气味，就像一个从小只吃过野菜、粗饭的人突然来了一顿满汉全席。而这顿满汉全席的高潮是他遇上了一位全身散发着迷人体香的少女（一般人闻不到）。
他痴迷的跟随着她，靠近她，拉着她的手，嗅着她的味道，还没等少女反应过来怎么回事，他怕被人发现，就一下捂住了她的嘴——连鼻子一起捂住，直到她窒息而亡。而他顾及的只有她的体香，在她死去的尸体上，无比贪婪的嗅着、嗅着……他所在意的只有味道。生命对他仿佛一粒尘埃，就像人们对他的那样。眼前失去的仿佛只是一个物品——一个载着香味的物品。他瞬间的难过是为失去了一件至爱的东西，而不是人、不是生命。正如从来没有人把他当人，珍视他的生命一样。
这种至爱味道的丧失，激发了他强大的动力，他决定一定要学会保存香味的办法。
接着下来，他借着送皮货的机会，在香水制造商面前大显其超凡的嗅觉能力。终于让那个香水制造商买下了他，收他为徒。香水制造商大发其财，而他却发现这种保存味道的办法并不能保存人体味道。这对于他简直是致命的打击，他终于倒下……制造商为了得到更多的利益，答应只要他写出100种香水配方后就推荐他到巴黎学习新的味道保存办法。
在去巴黎的路上，他意外的发现，自己竟然没有味道！这对于完全依靠嗅觉来感知世界的他来说，“没有味道”就意味他这个人的不存在！意味着他曾在这个世上呆过，但就像没呆过一样！这是一种比死亡还可怕的恐惧。为了消除这种恐惧，他决定要不惜一切代价找到保存人体香味的办法——他要制作顶极的人体香水，证明自己的存在！
如果说先前想“保存人体味道”，是对喜爱之物的一种留恋。那么，现在“保存人体味道”则是一种对抗内心深处极度恐惧感的唯一办法——让自己的内心感觉到自己存在的唯一办法。
接下来，他疯狂、残忍地尝试着，从水煮少女——蒸馏的办法到用动物油脂保存加热提取。他在疯狂地而且越来越频繁地杀害一个又一个的拥有迷人体香的少女。这些鲜活的生命，在他的眼里仿佛只是香味的提取物。他感觉不到情感——感觉不到他们的恐惧、害怕……他的眼里只有物，没有人！也许在他的世界里，他觉得只要味道存在就意味着这个人还活着。所以，影片中看不到他的内疚也看不到他的恐慌，而这也正是他整个人生悲剧的决定因素，体验不到情感——好的、坏的都没有——也许这才是做为一个人的真正“不存在”！
他的梦想的极品——人体香水做成了，同时他也被捕了。在处以极刑的广场上，万众瞩目之下，他拿出以十几位少女生命为代价制作的香水——他的手臂轻轻挥动着那只沾有一点点香水的手帕……顿时，正在高喊着要将他砸碎的人们，一下子全部拜倒在他的脚下——仿佛君临天下，仿佛神降人间……
他终于实现了自己的愿望——以顶极的味道战胜了自己的没有味道，拯救自己不存在的感觉。借由香水，他得到了最极致的关注、最极致的尊重及最极致的爱，就像神一样接受着万众的顶礼膜拜。当随香水味道的散发，人们仿佛身在天堂，陶醉着，交融着、随心所欲着……就连失去爱女的父亲，也称老泪纵横，忏悔着，称他为“我的儿子”。
看着拜倒在自己脚下的赤裸裸的人们，他的脑海里浮现出他失手闷死的第一个少女——那个没能保存下体香的少女，他僵硬的脸上划过了两道重重的泪痕……在证明了自己存在的价值之后，在得到极致的尊重与爱之后，他的心第一次为被称为“情感”的东西所触动。这个时候也许他真的感觉到了自己的存在，但同时也感觉到了自己重重的悲哀……
影片提示：他可以借香水得到任何他想要的东西，但唯一无法得到是：爱与被爱的能力！“爱与被爱”也许这才是我们每一个人灵魂深处真正追寻的东西、能带来存在感的东西。但他没有这个能力……从他出生到最后极致的成功他从未得到过一丁点属于人类的爱与温暖。而这也使他注定成为一个悲剧。
影片结尾：他离开无比崇拜他的人们，独自一人跋涉万里，回到他出生的地方，将整瓶香水从头倒下——他想得到爱——从他出生的地方（像征着从母亲那里，从开始）。瞬间，人们仿佛着了魔，疯狂地将他吃掉，吃完后，每个人都很幸福相信他们那是出于爱。
天亮了，在那脏脏的黑黑的地上，只剩下他孤零零的空空的衣服和空空的玻璃瓶，一如活着的时候的他……
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